根据作战安排，6军甲种师6个师，乙种师7个师，第3、5混成旅，第1、3骑兵师，第1、3重炮兵团，第1、4攻城炮兵团，第1、2、5后备纵队，共计2十2万大军，组成北伐军，由左孝威亲自统帅，主力部队沿铁路北上，进攻直隶，第3、5混成旅乘船由海路分别登6天津及威海卫。
教导总队，6军甲种师两个师，乙种师5个师，第2骑兵师，第2重炮兵团，第2攻城炮兵团和第3、4后备纵队，共计十3万人，组成西征军，由左念微统帅，沿江西征，进攻湖广。
第1、4混成旅及第2师在南洋舰队护送下前往广东，与广州革命军政府会师，武力整编其部队，随后西进，向西南进军。
海军3大舰队全员出动，保证国内革命环境的稳定，武夷山号、玉山号装甲巡洋舰北上威海卫，准备迎战直隶水师；北固山号、镇海号装甲巡洋舰南下，驻泊岘港；冠豸山号、天姥山号装甲巡洋舰进驻釜山，在鲸海（日本海）内巡航，监视沙俄太平洋舰队；横海号、伏波号岸防战列舰配合吴淞、江阴炮台保卫首都安全。
面对共和军的大动作，清廷表现得非常混乱，话说甲午战争之后，清廷开始编练新军，推动改革，但对于满清朝廷来说，这样的动作有的时候会产生反效果，即越落后越保守，越衰微越疯狂。
自从光绪帝病重之后，以翁同龢为首的汉人势力就逐渐被排挤出朝廷，整个朝廷迅速满化，大量的旗人占据要职，但又不能履行职责，整个国家越发混乱。
在军队中更是如此，清廷编练的新军包括中央6镇、湖广自强军3镇和广东新军两镇，其中中央6镇又分为武卫军和北洋军。
前者共4镇，统制均为旗人，军总统为铁良，兼后军镇统制，右军镇统制6军部侍郎荫昌，左军镇统制肃亲王善耆，前军镇统制多罗敏达贝勒毓朗。
其中铁良、荫昌2人算是知兵之人，荫昌曾在德国军校学习，与德皇威廉2世是同班同学，两人私交不错。
在东南还未宣告起义之前，荫昌就曾上书建议摄政王载漪，与直隶及东北布防，但并未受到重视。
东南宣告起义之后，载漪才匆匆调遣新军，展开防御，并任命刚刚上任盛京将军的裕禄总统诸般军务。
同时，清廷重新启用丁汝昌，令其率直隶水师迎战共和海军北洋舰队，但北洋舰队动作神速，直接将直隶水师堵在威海卫军港中。
3月25日，北伐军攻克登州、胶州，海路并进，直逼威海卫，北洋舰队司令萨镇冰亲笔书信，劝直隶水师举义归正。
3月28日，在北洋舰队多日的轰炸下，丁汝昌在定远舰上自杀，刘步蟾、林泰曾、林永升率部投降，直隶水师定远、镇远、来远、驭远、和远、安远、宁远、嘉远、泰远9艘主力舰艇加入共和海军北洋舰队。
但直隶水师各舰的舰况大多糟糕，投降之后便被拉到了旅顺造船厂进行修理。
随着直隶水师的覆灭，整个山东已经不存在任何的满清军事力量，大军开始向邯郸进发，再往北去，就没有铁路可以依靠了，北伐军也将遇到北伐过程中第1个也是最后1个有威胁的对手。
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