部主要由三个部门组成。
其最高权利机构是协约理事会，整个统合部的政策都是在协约理事会的会议上决定的，与会的人员主要有5个协约理事会部门领导和来自五大势力的代表。
在早期，理事会的部门领导人通常是由势力进行推荐的，而现在的统合部已经开始独立挑选部门的领导者。这一决定确保了统合部能够维持它中立性的政治策略，但某些阴谋论者也因这一举措而认为统合部有意向成为“第六大势力”。
在统合部中较大的部门，同时也是宇宙中较有权力的部门——联合安全局（DED）。
这个部门不仅是统合部的武力部门，同时也是新伊甸世界中十分强大的武装力量，也正是因为这个武装力量，才使统合部引起了势力的警惕。
联合安全局的主要职责是追踪那些恶名昭著的罪犯，因此他们经常雇佣赏金猎人，同时也负责赏金猎人许可证及法律事项的处理。
比如联合安全局会将获得的海盗集团据点的位标公布，然后就成了克隆飞行员在扫描界面上看到的各种:战斗地点。
还有克隆飞行员的管理，以及对违反规定的克隆飞行的制裁，也是由这个部分负责。
而统合部中最后一个，也是比较不起眼的一个部门，就是安全商业委员会（SCC）。
在意识到星际贸易和宇宙大通商的重要性后，这个部门由朱庞特帝国和米玛塔尔共和国提议建立，之后由多个势力共同合作运营，为新伊甸世界保障了一个安全的、统一管理协作的贸易环境。
交易规则、标准合同等内容，都是这个部门所建立的。
联合安全局、商业安全委员会就是目前统合部内最大最有影响力的组织。
通常情况下，许多太空旅行者只会和这两个部门打交道，对很多人来说，这两个部门中或许DED才是统合部的真实面目。
统合部这么庞大的一个机构，当然不可能只有三个部门，只不过其他部门规模小，影响力不大，不为人知罢了。
统合部的内部工作十分民主，五大帝国在所有事务上都有着平等的发言权。
最初艾玛帝国坚持反对米玛塔尔共和国进入统合部，但(本章未完,请翻页)
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