市政大厅内部的地下室内。
辛多拉盯上了坚村弘树托付给自己父亲坚村忠彬的DNA探查程序，而坚村忠彬坚持想要让辛多拉赎罪。
他猜测到坚村弘树知道了辛多拉的秘密，是那件足以毁灭辛多拉帝国的秘密。
至于辛多拉如果不借助弘树的力量，人工智能就无法完成，于是辛多拉就严厉驱使弘树工作逼迫他早日完成，精神上受到极大压迫的弘树在完成人工智能后的那个早晨认为自己马上就会被辛多拉杀害，所以他才把可以说是自己分身的‘诺亚方舟’通过电话线路释放了出去，最后选择了从公寓的顶楼跳了下去了结短暂的一生。
在那之后，坚村忠彬的电脑遭到了DNA探查程序的数据侵入，其实那是继承弘树遗志的诺亚方舟所搞得鬼。
辛多拉说着满嘴的谎言，说着什么我会赎罪的、我会将一切公诸于世、无论什么样的制裁我都愿意接受，最后又道出了自己的欲望，希望可以在那之前让他看一眼那个诺亚方舟传给你的DNA探查程序。
坚村忠彬上了他的鬼当，他在操作了几番电脑后调出了那个程序，将超越时空带到现代的‘伦敦的亡灵’展示在电脑屏幕上，而当他回过头话还未说完，逐渐逼近他的辛多拉手持匕首将坚村忠彬残忍杀害，并使用了驱动病毒损坏了该项程序，随后拔掉匕首擦掉上面的血迹头也不回的离开了房间。
坚村忠彬在死亡来临之际他在键盘上留下了‘JTR’三个字母。
在这间办公室内，诸多大型主机显示灯开始闪烁发光，房间内渐渐响起‘我的名字叫‘诺亚方舟’这句没有丝毫感情像是机器人发出的声音。
坚村忠彬的尸体被他得到助理发现了，警方率先秘密到场并暗中封锁了市政大厅的出入口。
闻讯赶来的柯南还有毛利大叔与目暮警官见了面，柯南在一旁悄悄观察案发现场，被害人是心脏被刺一刀毙命，凶手所使用的凶器被带离了现场，掉落在地上沾染血迹的纸巾无疑不代表凶器上的血是被擦掉了，看来凶器可能是凶手珍爱的东西吧，要不然就是凶器留下来会让人知道凶手是谁。
至于为什么坚村忠彬为什么身为开发负责人会呆在这种地下室，那是因为坚村忠彬在人出入频繁的地方无法集中精力，所以一个人呆在这里。
经过助理的检查，电脑硬盘上的数据全都被破坏掉了。
柯南这时也走到电脑前，他巡视一圈看到键盘上的三个沾染血迹的按键，不由陷入了沉思。
武藤御此时也陷入了沉思。
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