看回到始兴郡，卢循的心中稍定，当初东阳兵败逃往番禺的时候不过也就几千人，到了广州休整几年便可东山再起。
然而，当卢循在始兴城中见到父亲卢暇、孙建之等人，方知老巢番禺已被朝廷兵马占领，不觉忧心如焚。
更让卢循着急上火的是刘裕显然不打算轻易放过他，他刚到始兴城不久，刘藩、刘怀慎便率领朝廷兵马翻山越岭追至。
卢循对徐道覆道：“事已至此，唯有拼死一搏。道覆你守稳始兴城，愚南下夺下番禺，若事情顺利则率救兵回援，否则你我黄泉之下相见。”
留下两千兵马给徐道覆，卢循带着剩下的四千人南下番禺，沿途搜寻百姓裹胁成军，至番禺城下里亦有万余人。
刘藩兵至始兴城下，下令攻击，沈田子正好率军在阳山准备攻打桂阳城，闻讯率军与刘藩汇合。徐道覆麾下兵马疲惫不堪，面对人数占优的晋军，勉强坚守了五日。城破，徐道覆被杀。
番禺城下，卢循攻城，城中仅剩二千兵马，孙处发动百姓上城协守。卢循一面派人攻城，一面四处搜罗百姓搜刮粮食，接连进攻了二十多天番禺城仍未攻克。
沈田子率军驰援，城中守兵见援军到来，士气大振。此时卢循已经聚集了两万多人，想以优势兵力先行击溃沈田子。沈田子背水列阵，率先朝卢循军杀去。
不等沈田子冲至阵前，卢循军先自惊乱，此时孙处率军从城中杀出，一举将卢循乱军击溃，斩杀俘虏万余人。
卢循率残部往西进入交州，孙处与沈田子率军追击，于苍梧、郁林、宁浦三战三捷，孙处却水土不服染上重病，不久身逝。广州刺史褚裕之到任，刘藩、沈田子等人奉命率军返回京城。
卢循窜往交州，攻占合浦，恰巧山贼李奕等人与交州刺史杜慧度有仇，两者合兵攻打交州治所龙编。
龙编城外，杜慧度用雉尾炬(以芦苇等物，缚成下部分岔之草把，灌以油蜡，点燃后投掷，因形似禽尾，故称)火焚变民军船只，卢循中箭投水而死，杜慧度捞出其尸体斩首，连同卢循之父卢暇、四个儿子以及录事参军阮静等人的首级，全部送到建康。
至此，历时十一年的孙恩、卢循之乱彻底平定。
朝廷下旨赏功，授刘裕为太尉、中书监，录尚书事、扬州刺史等官职不变。刘裕知大局已定，这次不再推辞，欣然接受。
天子又以雍州军南下相助平叛为由，加杨安玄为侍中、骠骑将军；以后将军刘毅守护建康、督运辎重之功复任卫将军，开府仪同三司，重返历阳任豫州刺史；其他有功将领一并封赏。
刘穆之转任太尉府司马，替刘裕在京中招募有才之士，吸纳了大批孟昶的参佐入太尉府，原左光禄大夫殷茂之孙、故司徒王谧女婿殷景仁；故太尉谢安之兄谢据曾孙、骠骑长史谢重之子谢晦等俊才都得到刘裕的重用。
刘毅发觉刘穆之对刘裕的帮助极大，在背后替刘裕出谋划策，不少门阀受其拉拢投靠了刘裕，深忌之。于是常在刘裕面前提及刘穆之权力过重，将来难以抑制，可是刘裕知其心意，反而更加信任刘穆之。
雷池、左里击败变民军后，夏口、浔阳、历阳收复，刘毅回转历阳城，不久上表朝廷，要求督江州军事。
刘毅奏称江州处于要冲，与扬州、豫州联为一体，是京师的屏障。卢循祸乱之后，江州糜烂，百姓寥落无几，交通不(本章未完,请翻页)
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