守，虞丘进为燕国内史，扼守长江防守桓玄反攻。
刘裕不打算留在朝堂之上，但朝堂之上肯定要留下自己的人，以刘穆之为祠部尚书郎，领堂邑太守；徐羡之为度支库部郎，领军司马，掌握朝庭财权；臧熹散骑侍郎控制皇城；又以沈田子为镇军参事、向靖宁远将军、檀祗振威将军、孙处振武将军等人镇守建康……
天子司马德宗以及琅琊王司马德文都远在寻阳，刘裕为了让这些任命变得名正言顺，请出被贬彭泽侯的武陵王司马遵，声称受天子密诏，以武陵王司马遵承制总百官，加侍中、大将军。
司马遵入住东宫，代行天子职权，称承制，对刘裕的这些任命照单全收，下令追拿桓氏一族。
三月十日，徐州刺史刘裕率军返还京口，也就在这一天，桓玄带着家眷、残部到达浔阳，江州刺史郭昶之出城相迎，遵照桓玄吩咐给予辎重，补给兵力，桓玄在浔阳城稍加喘息。
刘裕命刘毅率何无忌、刘道规等人西进追击桓玄，桓玄则令龙骧将军何澹之、前将军郭铨与江州刺史郭昶之一起防守湓口。
身在浔阳的桓玄惶恐难安，于三月十四日带了司马德宗等人离开寻阳前往江陵。
为掩饰失败，桓玄撰《起居注》，声称自己算无余策，可惜麾下将士不听调度，才致使大军败亡。
《起居注》写完后，桓玄命人四处颁布，让远近皆知其神武，反为世人所笑。
南燕，广固城。司马休之、刘敬宣等人勾连青州大姓及鲜卑豪帅，准备刺杀慕容超，推司马休之为主。
事情暴露，慕容德大怒，杀刘轨，派兵追拿司马休之等人。高雅之被擒身死，司马休之与刘敬宣逃至淮水和泗水间躲藏。
商贾将刘裕起军反桓，夺取建康赶走桓玄的消息带来，司马休之和刘敬宣南归。
司马休之投奔建康武陵王，司马遵任命他为荆州刺史，督荆、益、梁、宁、秦、雍六州诸军事，想倚靠司马休之重振晋室。
刘敬宣则直接去了京口投奔刘裕，他与刘裕交情深厚，刘裕任命刘敬宣为晋陵太守。
南燕慕容德也收到桓玄失败的消息，命北地王慕容钟征军十六万，准备夺取长江以南的疆土。大军尚未出发，慕容德又病倒了，南征之事再度作罢。
四月三日，桓玄抵达江陵，荆州刺史桓石康率众迎接，桓玄在江陵继续称帝，以卞范之为尚书仆射，桓谦为侍中，桓胤为吏部尚书，改南郡公府为皇宫。
坏消息不断传至桓玄耳中，先是桓歆与杨秋攻打历阳，被新任豫州刺史魏咏之率诸葛长民、刘敬宣、刘钟等人击败，斩杨秋。
接着是何无忌、刘道规追击桓玄，与驻于桑落洲上的何澹之大战，大破楚军，趁势占领寻阳，将司马氏牌位送回建康。
桓玄下旨募军，桓家在荆州深耕五十年，百姓数代人受桓家恩惠，二十余天内便募得二万余人，加上荆州本来的兵马以及江州郭昶之补充的兵力，兵马超过四万，战舰超过千艘。
襄阳，杨安玄得知桓玄招兵买马整饬战船，知道他将与刘裕决一死战。按历史走向，桓玄兵败身亡，江陵被朝庭夺回。
现在桓玄与刘裕交战，无暇顾及雍州，对杨安玄来来说正是开疆拓土之机，命傅弘之率三千兵马从当阳回返，再从襄阳出兵二千，准备夺取梁州。
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