手的问题抛给了群臣：
“诸位爱卿，你们说说该怎么处置李承乾？”
结果，朝堂上群臣都鸦雀无声。因为太子谋反按律当诛，谁也不敢落下为太子开脱的罪名。
朝堂上毫无声响了半晌，李世民还是用可怜的慈父目光搜寻着群臣，希望有人替他解围。当李世民的目光扫射到袁天纲的身上时，袁天纲无奈出列奏道：
“圣上，臣建议：将太子废为庶人，把他流放就行了，这样陛下上不失作慈父，下可得尽天年，就算是仁至义尽吧。”
李世民听罢，连连点头称善。于是诏命将李承乾废为庶人，流放黔州（今重庆彭水），并向天下颁布《废皇太子承乾为庶人诏》：
“……是知储副之寄，社稷系以安危；废立之规，鼎命由其轻重。详观历代，安可非其人哉！
皇太子承乾，地惟长嫡，位居明两，训以《诗》、《书》，教以《礼》、《乐》。庶宏日新之德，以永无疆之祚。而邪僻是蹈，仁义蔑闻，疏远正人，亲昵群小，善无微而不背，恶无大而不及，酒色极于沈荒，土木备于奢侈。倡优之技，昼夜不息；狗马之娱，盘游无度。金帛散于奸慝，捶楚遍于仆妾，前后愆过，日月滋甚。朕永鉴前载，无忘正嫡，恕其瑕衅，倍加训诱。选名德以为师保，择端士以任宫僚。……恩宠虽厚，猜惧愈深，引奸回以为腹心，聚台隶而同游宴。郑声淫乐，好之不离左右；兵凶战危，习之以为戏乐。既怀残忍，遂行杀害。……承乾宜废为庶人，流放于黔州。”
同时，将汉王李元昌赐令自尽，侯君集、杜荷等都伏诛。
李世民觉得侯君集为国家立有大功，不想治其死罪，但群臣进谏说侯君集的罪国法难容。李世民非常难过，只能忍痛将侯君集处以死刑。临死前，李世民亲自去大理寺狱看望侯君集。侯君集一看到李世民，就拜伏于地，请求赦免自己的妻儿，好为自己守丧。李世民流着泪同意，赦免了其妻儿，将他们流放到岭南。
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