到王叔麴文雍带着一百多残兵败将逃回高昌城，以及后面蜂拥而至的七万唐军，只能目瞪口呆、束手无策。
麴文雍劝谏道：“大王，现在已是大势已去，再抵抗也是做无谓的牺牲，识时务者为俊杰，为了保全高昌国全体百姓，还是纳降表吧。”
麴智盛无奈，只能率领满朝文武向侯君集上降表，正式向唐军投降。
侯君集率唐军进入高昌城，但是，侯君集带头大肆抢夺战利品，私吞高昌王室财宝，还抢占两位高昌绝色美女。其他将领们一看主帅带头，也跟着抢夺战利品，唯有阿史那社尔丝毫未取。众将领都觉得奇怪，阿史那社尔正色回答：“没有圣上的旨意，我不能胡来。”
袁天纲进城后，看到高昌城内唐军毫无军纪，全城都在掠夺，急忙率领飞骑们将麴文雍、麴智盛及王室成员们集中保护起来。
攻克高昌城后，侯君集又分兵攻略高昌其他十九个城。至此，高昌国三郡、五县、二十二城；户八千、三万七千七百人、马四千三百匹；土地东西八百里、南北五百里全部纳入大唐帝国版图，大唐帝国正式打通大唐与西域、中亚的东西方交通道路。
而前期高昌国内流传着一个童谣：“高昌兵马如霜雪，汉家兵马如日月。日月照霜雪，回手自消灭。”，真得是应验了！
大唐灭高昌国之战后，姜行本命令瓜州司法参军司马太贞在罗漫山黑绀岭上竖立一个纪功碑，碑文如下：
“昔匈奴殄灭，窦将军勒燕山之功；闽越泯清，马伏波树铜柱之迹。然则振英风于绝域，申壮节于殊方，莫不腾茂实于千载，播芳猷于万古者矣。……
大总管运筹帷幄，继以中军，铁骑亘原野，金鼓动天地，高旗蔽日月，长戟彗云霓，自秦汉出师，未有如斯之盛也。班定远之通西域，故迹罕存；郑都护之灭车师，空闻前史，雄图世着，彼独何人？乃勒石纪功，传诸不朽。”
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