并于马略卡岛的帕尔马建立海军基地。
崇祯还从本土派来了一批官员，建立了一整套殖民地官吏系统。
将法鲁地区及后从西班牙割让而来的地区合并在一起成立了直布罗陀总督区，在从西班牙手中夺占的摩洛哥成立了北非总督区。
殖民地最高长官为地区总督，总督作为大明帝国皇帝的代表，执行大明帝国皇帝的旨意；
履行大明帝国本土的相关命令；管理殖民地行政事务；指挥殖民地驻军及地方部队；负责殖民地对外交往。
殖民地内的海军部队及相关设施不在总督管辖范围之内，海军舰队由帝国海军部直接管辖指挥，但在取得海军部许可的前提下，舰队可以配合殖民地总督的行动。
崇祯十年元月，大明帝国直布罗陀总督区首任总督马祥麟及大明帝国北非总督区首任总督李性忠抵达。
这位李性忠乃是一代名将李如松的次子，曾任蓟辽总督中军副将，颇有其父遗风。
两位总督到达治所后，立即搭建起了管理体系。
开始丈量土地，勘探下去矿产资源，政治法度，并在大明帝国驻总督区的正规军之外，各自组建了一支3、4万人规模，由亲明的当地人组成的治安部队。
并开办教育，在当地精英阶层中推行汉化教育。由于有了大明的正规军和地方治安军的驻守，万胜才得以率领海军陆战队撤回国内。
崇祯十年冬月十六日直布罗陀要塞、鸽岛要塞和休达要塞先后建成，
大批从本土运来的150毫米岸防炮、130毫米岸防炮、75毫米速射岸防炮、35毫米机关炮被布置在要塞的各个火力点位上。
为求万无一失，就连反斜面都布置了相当数量的火炮及重机枪，以防止陆军从岸上夺取要塞。
从三大要塞建设完成后，两大总督区分别开始向地中海沿岸的所有国家、城邦发出公告，
所有途经直布罗陀海峡的船舶，必须事先前往驻伊维萨岛的大明帝国驻地中海海事行署进行报备，经行署审批并缴纳通行费用后方可通航。
如不进行报备，未经批准擅自通过海峡的一律击沉。
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